1943年11月，赫鲁晓夫随苏军收复基辅。不久后，赫鲁晓夫获任命为乌克兰人民委员会主席，继续担任中央委员会第一书记，集乌克兰党政大权于一身。整场二次大战中，乌克兰丧失大约530万人，16万个工业企业单位和28万个集体农庄被摧毁。赫鲁晓夫重返乌克兰后，致力于重新加强党的控制，重建集体农庄，发展经济。到1945年10月，乌克兰的煤炭产量已恢复到战前的40％，钢为23％，生铁30％，锰54％，有4000多个大中型工业企业和3000多个手工合作社恢复生产。

另一方面，赫鲁晓夫亦按史太林的指示，在西乌克兰地区推行农业集体化，却引起当地人民不满，若干激进份子加入武装民族主义游击队，以对抗苏联的管治。