崇祯二年（1629年），后金天聪汗皇太极率领数万兵马绕过山海关，经内蒙古进入长城，侵扰北京外围，北京震动，宣布戒严。崇祯皇帝大为震怒，把后金纵兵入关的责任归咎辽东督师袁崇焕，而且袁崇焕被告发曾经与后金天聪汗私下通信，被崇祯帝凌迟处死。由于袁崇焕与东林党人关系密切，阉党旧人，乘机翻案，朝中争论不休。崇祯帝对大臣失去信任，稍有过失便免职、治罪，大臣不能久任，施政摇摆不定。崇祯在位十七年，曾有四十八位殿阁大学士（俗称宰相），多数不能久任。其中较著名的，有周延儒、温体仁、文震孟、徐光启、孙承宗、杨嗣昌等。

同一时间，由于地方官互相推卸，官军讨寇不力，令陕西流寇不断扩大。据当时地方政府向朝廷报告，陕西、山西的流寇首领名单为：「紫金梁（王自用）其首也，余八大王（张献忠）、扫地王、邢红狼、黑煞神、曹操（罗汝才）、闯将（李自成）、撞塌天（刘国能）、满天星、老回回（马守应）、闯王（高迎祥）、点灯子（赵四儿）、不沾泥（张存孟）、一阵风、九条龙、刘九思、映山红、催山虎、冲天柱、油里滑、屹烈眼」等几十股，到处流窜攻掠，时分时合，官兵无力征剿。

明朝三边总督老将杨鹤招抚流寇失败，被逮下狱死，崇祯四年十月，崇祯帝改派以心狠手辣着称的延绥巡抚洪承畴接任三边总督，全力征剿陕西境内流寇。大部分流寇往东渡过黄河进入山西省，李自成是其中之一，他在山西与舅父「闯王」高迎祥会合，自称「闯将」，队伍不断扩大。崇祯六年官军围攻山西流寇，高迎祥、李自成、张献忠等率衆逃到河南省，又被围困。

然而次年初（崇祯七年1634）后金军再从内蒙古进入长城，侵扰北京、直隶、山东等地，大肆劫掠。明朝急调洪承畴等将帅率师救援。洪承畴离开之后，高迎祥、李自成、张献忠等乘机率衆突围。是年六月，新任五省总督陈奇瑜召集陕西、郧阳、湖广、河南四路巡抚发兵围剿，流寇见明军云集，逃入陕南车箱峡之中，被明官军封锁出口，人疲马乏，粮食不继，情势危殆，李自成用谋士顾君恩之计，向官军诈降。但李自成一出峡谷脱险，立刻杀死护送官兵，再次叛变。史称「车箱峡之变」。

崇祯八年（1635年）各路流寇聚集在洛阳一带，共十三家七十二营（高迎祥、张献忠、老回回、罗汝才、革裹眼、左金王、改世王、射塌天、横天王、混十万、过天星、九条龙、顺天王等）在河南荥阳（今郑州市郊荥阳县），李自成提出「分兵定向、四路攻战」方略。会后高迎祥、李自成、张献忠率部攻下凤阳，斩中都守将朱国相，掘开明皇室的祖坟，焚毁太祖曾经出家的皇觉寺。凤阳失守，崇祯皇帝为之震怒。

但李自成与张献忠因争夺凤阳皇宫的战利品而结怨，分道扬镳；李自成领部属西走郧阳、陕西；张献忠率衆南下湖广，出没蕲、黄、潜、桐之间（今湖北蕲州、黄冈、潜山、桐城等县市）。