同治三年中，清朝依靠曾国藩、左宗棠、李鸿章等汉人大臣所组建、指挥的湘军、楚军、淮军等地方军队，剿平太平天国，收复南京、苏州、杭州等经济重心。同时，向英国、法国求和，签订中英、中法《北京条约》，割地赔款，让出更多商贸权利，外国人在中国享有更多特权，以换取和平。幼主同治皇帝返回北京，慈安、慈禧两宫太后垂帘听政，皇叔恭亲王奕欣执掌朝政、主管外交。然而，清朝的政局，仍然动荡不安，民间反抗势力依然强劲。

在中原大地的黄淮大平原上，即河南、安徽、江苏、山东等省相邻的广大农村，自古以来，村民组织练武团体及迎神赛会，每一个小团体称为一「其中捻」，少则几个人、几十个人；多者大概二三百人。成员多数是贫穷农民，每到灾荒之年，一些没有活路的农民，聚众闹事，称为「捻党」或「捻匪」，所谓「居者为民，出者为捻」。

咸丰年间，太平天国气势兴盛时，不少捻党起兵响应，其中以安徽亳州（音薄，不是毫字）雉河集一带的捻军在张乐行的领导下声势最盛，分为五旗（黄白红黑蓝），张乐行被推为「五旗盟主」，在安徽北部、河南东部、山东南部农村串连，袭击官府、抢掠富户，咸丰七年，张乐行接受天平天国「梁王」封号，但捻军行踪飘忽不定，骑兵在皖、豫、鲁、苏、鄂、陕、晋、直（冀）八省驰骋纵横十余年，极盛时总兵力达到二十万。清朝官兵束手无策。

太平天国平定之后，清朝可以全力对付捻军。1865年清朝蒙古亲王僧格林沁攻伐捻军，中伏被全歼。慈禧太后决定任命曾国藩为钦差大臣统率湘军、淮军及其他部队镇压捻军。曾国藩提出重点设防、设立马队、修筑圩寨等一套「以静制动」的攻捻方略，以及「聚兵防河」的计策，利用地形，「画河圈地」，分战区为东、西二捻，左宗棠负责攻伐西捻，李鸿章负责攻伐东捻。

1867年底，东捻军被围困于黄河南岸、大运河东岸夹角地带，最后为淮军李鸿章、刘铭传所灭；1868年8月，西捻军被围困在黄河、运河、徒骇河之间，被楚军左宗棠猛攻，全军覆没，首领张宗禹不知所终，捻军至此彻底覆灭。