郑成功的父亲郑芝龙自称：「少年时已（意尚未成年），不肖，浪迹江湖时，髪尚被面」。据史书记载，芝龙少时聪明英俊，气宇轩昂，性情荡逸，不喜读书，而臂力过人，喜欢耍拳弄棒。其父做过泉州府库吏，有五个长到成年的儿子；分别以龙、虎、豹、麟、凤为名。

芝龙是兄弟中的大哥，父亲过世后，成为一家之主。明天啓元年（1621），郑芝龙十七岁，带着两个弟弟芝虎、芝豹跑到广东投奔在澳门做生意的母舅黄程。葡萄牙人自嘉靖年间以澳门为居留地，发展对华贸易，形成了广州-澳门-马尼拉的三角航线，由于明朝政府不准许葡人到内地，他们只能雇用福建海商作代理，到广州购货，称为「揽头」或「闽揽」。些福建揽头会说葡语，作风进取强悍，而且人数众多，每到货场都集齐人马，配备刀枪，收购货物事在必行。官员也畏惧几分。

郑芝龙在澳门学习经商，增长了见闻，而且逐渐学懂葡语，又受洗皈依天主教，教名为尼古拉斯·贾斯帕（Nicolas Gaspar）。但他仍烧香拜神，先后娶了五房妻妾，完全不守天主教戒律。

天启三年（1623）七月，郑芝龙受母舅黄程的派遣，搭乘当时最有势力的大海商（海盗）李旦的船，押送一批白糖、奇楠、麝香和鹿皮前往日本交易。这趟旅程，改变了郑芝龙的人生，也让郑成功来到世上。

李旦，福建泉州人，又名李习，年轻时从福建往吕宋经商，由于与西班牙人关系良好，接受天主教洗礼，取名安德鲁（Andrea Dittis），从事吕宋-中国-日本九州贸易，成为马尼拉富甲一方的华人领袖，被称为「华人甲必丹」（即欧洲语言captain首领的译音）。 1603年马尼拉爆发排华暴动，大批华人被杀，但李旦逃过劫难，其后转往日本九州发展。当时日本刚从战国时代（1467至1590年）的动荡恢复统一，丰臣秀吉在大阪建立幕府，1615年丰臣政权被德川家康取代，在江户（今东京）成立德川幕府。日本各地藩主实力仍雄厚，尤其是九州各藩：萨摩（今鹿儿岛）、熊本、平户（今长崎西部）、唐津（今长崎北部）等藩，天高幕府远，仍保持经济、军事自主，各藩在辖区内开辟海港、吸引外商（包括中国福建、浙江商人、葡萄牙、西班牙、荷兰商人，朝鲜、琉球商人等）发展贸易。并且藉幕府名义，发给「朱印状」作为准许贸易凭证。

李旦以平户及长崎为根据地，从事「朱印状」贸易。 1614至1625年间，李旦拥有二十七艘「朱印船」，往来北至日本九州，南至中国澳门及占城国、吕宋之间海域。在日本人、欧洲人眼中他是海上国际贸易商、丝绸茶叶瓷器代理商、财力雄厚的金主；在明朝朝廷眼中，他是海盗、黑帮首领。

年轻的郑芝龙追随这位海商（海盗）头子到了日本平户。明朝有文人记录李旦、郑芝龙的八卦故事，写道「李习（旦）者，闽之巨商也，往来日本与夷狎（与夷人友好），遂弃妻子娶于夷。芝龙少年姣好，以龙阳事之」，即两人有男同性恋关系，姑妄听之。

郑芝龙到日本平户不久，结识了一位日本女孩田川女孩。田川姑娘名喜，是平户人，她生于田川家，后来母亲改嫁给从福建泉州移居平户的华人铁匠翁翊皇，因此也称「翁氏」。未几，郑芝龙与田川氏（翁氏）成婚，1624年8月，长子出生，取名「福松」，即日后的郑成功。之后又生下第二子，取名「七左卫门」，过继给田川家。