1966 年 8 月初， 毛泽东 发表了「炮打司令部」大字报之后，召开中共八届十一中全会，通过 林彪 成为党中央第二号人物，而 刘少奇 的党内地位由第 2 位降到第 8 位。自此 刘少奇 被停止党政工作，留在住所作自我检讨、审查，而且时不时受到由中南海职工、勤务人员等人组成的 红卫兵 、造反派批斗、干扰。在 刘少奇 身边的只有夫人王光美及几个由 6 岁到 17 、 18 岁的子女，包括：刘平平、刘源、刘亭亭等。中南海外面的情况，要靠刘亭亭、刘源向 刘少奇 夫妇反映。 刘少奇 、王光美夫妇，每隔一、两日就受一批 红卫兵 的批斗，凌辱。

1967 年 4 月 9 日 ，清华大学的造反派组织了 30 万大会，批斗王光美，迫她承认当初派遣工作组进驻清华大学制止学生闹事的错误。 7 月 18 日 ，数十万 红卫兵 、造反派包围中南海，用高音喇叭叫喊打倒 刘少奇 ，中南海内的 红卫兵 亦都召开批斗大会，将 刘少奇 夫妇押到食堂，进行长时间的批斗。之后， 刘少奇 一家失去人身自由。

据刘婷婷记述：「斗争会后，爸爸被押回前院的办公室隔离看管，加派了岗哨，妈妈被押到后院，我们子女虽然还住在自己的房子里，也失去了行动的自由。从此以后，爸爸天天站在他的后窗前，望着后院，尽管其间还隔一道墙，根本看不到后院的一切，可是爸爸一站就是好半天。 1967 年 8 月 5 日 ，我们在幼小的心灵里，刻下了深深的刀痕。 江青 、康生、陈伯达、戚本禹一伙在中南海策划了一场批斗刘、邓、陶的大会，分别在各家院内举行，与天安门的百万人大会遥相呼应。我们几个孩子站在围斗的人群后面，满腔悲愤，眼看着爸爸、妈妈被几个彪形大汉架进会场，大汉们狂暴地按头扭手，强迫他们做出卑躬屈膝的样子，坐喷气式，拳打脚踢，揪着爸爸稀疏的白发，强迫他们抬头拍照。会场的指挥者还觉火药味不浓，命令他们的走卒们要杀气腾腾，在长达两个多小时的斗争会上，爸爸不断遭到野蛮的谩骂和扭打。爸爸每次答辩，都被口号声打断，随之被人用小红书劈头打来，无法讲下去。我们看见爸爸在尽力反抗，不肯低下那倔强的头。接着那些人把爸爸、妈妈押到会场一角，硬把他们按下去向两幅巨型漫画上的 红卫兵 鞠躬，爸爸被打得鼻青脸肿，鞋被踩掉，光穿着裤子，就在这时，妈妈突然挣脱，一把紧紧抓住爸爸的手，爸爸不顾拳打脚踢，也紧紧拉着妈妈的手不放，这是爸爸跟妈妈最后握手告别。经过这场非人的摧残，爸爸的腰伸不直了，打伤的右腿一瘸一拐地拖着，只能双手扶着走廊的窗台，一步一步移动着。 1967 年 9 月 13 日 上午 10 点，突然接到通知，我们立刻收拾行李，回各自学校接受审查批判。我们要求最后看一眼爸爸妈妈，也被无理拒绝了。就这样，我们被赶出了中南海，赶出了我们的家，这竟是我们和亲爱的爸爸永别。」

儿女被赶出中南海之后，王光美被送往秦城监狱，只剩下 刘少奇 一人，而所有秘书、警卫、服务人员都换了人， 刘少奇 更加孤独。 1968 年 3 月后， 刘少奇 身体已经虚弱不堪，据医疗报告反映：「 刘少奇 的神智不大清楚，表情呆板，对话没有反应。说不清一句完整的话。两脚移动吃力，走路迈不开步。在穿衣、安假牙时，几次发现上下倒穿、倒安的情况，当别人告其错了时，还不纠正。」 7 月 9 日染上肺炎后，只能够整日躺在床上，失去自理生活能力。 1969 年 10 月 11 日 ，由于中苏关系紧张， 林彪 下令疏散北京人员， 刘少奇 抬上军用飞机，送去河南开封，安排住在开封市革命委员会机关大院内其中一个房间，当时他已经神智不清， 11 月 12 日 早上 6 时 45 分， 刘少奇 离开人世。