永历十六年五月初八（清康熙元年、1662年6月23日）郑成功病逝，虚龄三十九岁（未满三十八周岁）。

在此之前，清顺治十八年（南明永历十五年、1661年11月24日)，清朝借口与郑成功勾结，处斩郑成功父亲郑芝龙及其亲族十一人。

郑成功亲征台湾时，安排长子郑经（生于崇祯十五年、1642年10月）留守厦门（当时称为思明州）。郑经年少好色，与其弟郑智之乳母陈昭娘私通，生下长子克臧，却被正室唐氏指控「乱伦」，唐氏父亲为郑成功大将唐显悦，向郑成功告发，郑成功勃然大怒，下令掌管厦门军队的堂兄郑泰全数处死郑经生母董氏、郑经、陈昭娘与初生的郑克臧等人。郑泰拒命，郑成功派亲信大将领兵往厦门捉拿郑经等人，郑泰严阵以待，大战一触即发。在千钧一髪之际，传来郑成功病逝消息，郑泰等厦门将领拥立郑经继承延平王位，号称「世藩」。同时台湾诸将蔡云、李应清等推举郑成功之弟郑袭为「东都主」，与郑经对抗。

十一月初一（11月11日），郑经率部从厦门出发，领兵东征，初七（11月17日）中午，至澎湖，十七日（11月27日）早晨，大雾蔽天，郑经在鹿耳门登陆，击败郑袭军队，郑经控制台湾，诛杀叛将，叔叔郑袭被押往厦门幽禁，其后郑袭逃走投奔清朝。郑经稳定台湾局面之后，疑心堂叔郑泰夺权，并且与清朝勾结，囚禁郑泰。郑泰诸弟及诸子留守厦门，于是投降清朝，于厦门、金门、东山等岛落入清朝手中。

郑经继承父志，重用陈永华、刘国轩等文武大臣，据史籍记述：陈永华善于治国，大力鼓励开荒垦植，号召人民种蔗制糖，煮海水晒盐，国用日渐丰足。又积极倡办学校，创立书院，并接纳洪旭「文事、武备两者不可缺一」的建议，令各镇在农暇时教习武艺，「春、秋操练阵法」，又入深山伐木造船，增强武备。在郑经治下，台湾日盛，「田畴市肆，不让内地」。

永历二十八年初（1674年、清康熙十三年）清朝爆发「三藩之乱」：镇守云南的平西王吴三桂、镇守福建的靖南王耿精忠、镇守广东的平南王尚可喜之子尚之信等三个藩王，因清朝撤藩，联合起兵反叛，并且联络海内外反清势力与清朝对抗。郑经应耿精忠邀请，由海路进攻沿海府县为声援，一时兵势甚盛。但郑经与耿精忠因争夺泉州、漳州而交恶。清朝康熙帝派康亲王杰书进攻福建，耿精忠战败，见大势已去，于1676年降清。郑经仍然占据厦门，派人与杰书谈判，提出称藩纳贡，不剃发、不易服，「以台湾为箕子之朝鲜，为徐福之日本」。杰书向郑经许诺，如果郑军撤离大陆沿海岛屿，退守台湾，向清朝称臣纳贡，就答应承认台湾藩属地位，与台湾「通商贸易，永无嫌猜」。但被浙闽总督姚啓圣反对，不能实现。清军猛攻厦门，郑经战败，退回台湾。

郑经西进失败之后，意志消沉，不理政务，长期隐居别馆，以吟诗饮酒度日，政事由长子郑克臧代理。清朝加强海禁，并且在福建沿岸设置多处要塞，封锁台湾贸易，明郑政权经过多年的征战，财务已经严重透支，军队又缺乏补给，陷入困境。永历三十五年正月二十八日（1681年3月17日），郑经去世，享年四十岁（虚岁）。

附录：郑经诗选

《满酋使来有不登岸不易服之说愤而赋之》
王气中原尽，衣冠海外留。
雄图终未已，日夕整戈矛。

《题东壁楼景自叙》
西郭楼台近水滨，青山白云相与邻。
试问阁中谁隐者，昔日先朝一汉臣。

《悲中原未复》
胡虏腥尘遍九州，忠臣义士怀悲愁。
既无博浪子房击，须效中流祖逖舟。
故国山河尽变色，旧京宫阙化成丘。
复仇雪耻知何日，不斩楼兰誓不休！