咸丰九年、十年，清朝正陷入内外交困严峻处境：太平军攻破清朝江南、江北两座大营，并且攻克清朝最重要经济重心苏州、杭州以及经济命脉江南大运河；英法联军攻陷广州，并且挥军沿海岸北上，攻击天津大沽口，直指北京，清军惨败，咸丰皇帝仓皇逃走到热河避暑山庄，英法联军攻入北京城。清朝唯一可以倚重的军队，就是由地方团练组编而成的湘军。

咸丰十年四月，清廷「以曾国藩署两江总督；擢兵部郎中左宗棠四品京堂，襄办曾国藩军务」，曾国藩开始获得地方实权，左宗棠返回湖南招募壮丁，组编「楚军」五千人为收复浙江作准备。曾国藩另一位幕僚李鸿章，亦返回家乡安徽招募壮丁，成立「淮军」。

咸丰十一年七月十七日（公元1861年8月22日），咸丰帝在避暑山庄驾崩，终年三十一岁，由唯一的儿子载淳继位，年仅六岁，咸丰帝遗诏，以肃顺等八位大臣辅政。咸丰帝皇后（慈安）及载淳生母（慈禧）不满肃顺等专权，与留守北京的咸丰帝六弟恭亲王奕欣密谋联手，在年底咸丰帝棺柩及幼主载淳回京时，发动政变，逮捕肃顺等八大臣，随即处死。两宫太后（慈安、慈禧）垂帘听政，恭亲王为议政王掌握军政大权，改明年为同治元年。

恭亲王信任曾国藩，任命曾国藩「统辖苏、皖、赣、浙军务，节制巡抚、提督以下各官」，又接纳曾国藩推荐，任命「瑞昌（满洲人）帮办浙江军务；太常寺少卿左宗棠赴浙江剿贼，调遣提、镇以下官」。于是左宗棠率领楚军专责征讨浙江省太平军。同时，上海附近民间反清帮会小刀会起事，侵扰上海租界，曾国藩推荐李鸿章率领淮军，与上海华洋商人所组建的雇佣兵「常胜军」（又称洋枪队，最初由华尔Frederick Townsend Ward指挥，华尔阵亡后，戈登Charles George Gordon为第三任队长）联合，在上海、苏州一带与太平天国忠王李秀成作战。曾国藩及其弟曾国荃率领湘军主力，围攻太平天国天京（南京）。同治三年六月，湘军攻入天京，太平天国瓦解。

太平天国侍王李世贤等，在咸丰十一年春进攻浙江，攻陷省会杭州，巡抚王有龄兵败自杀，太平军差不多占领浙江全省。同治元年（1862）年初，左宗棠及布政使蒋益澧等，率领楚军向浙江省发动反攻。侍王李世贤率领三十万太平军据守金华抵抗，展开长达两年半的浙江全省征战。同治三年初，左宗棠收复杭州，但太平军仍然据守部份州县顽抗。天京陷落之后，李世贤率领太平军残部退往福建。

左宗棠从同治三年（1864）初收复杭州，到当年十月前往福建追击太平军残部，先后在杭州任职巡抚九个月，期间左宗棠为浙江省的民生、经济、教育、人事等政务心劳力竭，浙江省在战后得以迅速恢复，《清史稿》称誉宗棠治理浙江「百废俱兴，东南诸省善后之政，以浙江为最」。

左宗棠在浙江最得力的助手，是钱庄伙计出身，凭自身努力，加上商业眼光及官场人脉网络，垄断杭州丝绸贸易，有「红顶商人」之称的浙江巨富胡雪岩。胡雪岩协助募集军费，采购军火，发挥举足轻重的作用。