1624年（明天啓四年）年底，郑成功出生后不久，郑芝龙与李旦离开平户，原因不明。有说法是李旦被平户藩主驱逐出境，另一个说法是李旦应荷兰人邀请，调停荷兰与明朝之间的矛盾。年幼的福松（郑成功）仍留在平户，由母亲田川氏（翁氏）抚养。

李旦及郑芝龙船队停靠在另一家海商（海盗）集团所建立的港口今日台湾中部的北港（今台湾云林县北港镇一带），海盗的首领名颜思齐，家乡是漳州府海澄县青礁村（今属厦门市海沧区）。颜思齐年轻时参加海商（海盗）集团，由于精通武术，性格豪爽，很快成为领袖之一，为了方便在马尼拉经商，受洗为天主教徒，教名伯多禄（Pedro，即英语的Peter），欧洲人称他为「中国的伯多禄」。他集结了一大群海商（海盗），在今日台湾西岸中部北港一带建立了十个村寨，招募福建农民开垦耕种，兼作为贸易根据地，号称「十寨」，每个村寨各有寨主，与颜思齐结拜为兄弟，郑芝龙是其中之一，此外有陈衷纪、杨六、刘香等，尊颜思齐为首领。当时日本人称他为「甲螺」；荷兰人、葡萄牙人、西班牙人称他为「甲必丹」意思是首领。

当时台湾岛仍是明朝东方的「化外之地」，没有全岛的名称，一般文书称之为「小琉球」，以别于明朝藩属琉球国（大琉球，今日本冲绳县），葡萄牙人称之为「福尔摩沙」即美丽之岛。岛上不同地方各有名称，其中一处名「大员」在今台南市一带，为后来「台湾」名称的来源。居民是数以百计以渔猎为生的原住民部落，各有首领，互不统属（近代学者归类为「平埔族」及「高山族」，语言不同，族源不同），岛上的无政府状态为海盗建立据点提供便利，而欧洲武装商人亦对之虎视眈眈，1622年荷兰人试图占领澎湖，被明水师（海军）驱逐之后，向东占据鹿耳门（今台南市）一带，设立殖民地。据明朝福建官府的报告，「思齐剽掠海上，倚为巢穴（指北港）」，荷兰官员向东印度公司（驻地在巴达维亚，今印尼雅加达）报告，颜思齐是「恶名昭彰的海盗」，可见颜思齐集团实力非常雄厚。他在福建沿岸还有一个重要据点，就是厦门岛。

1625年7月，李旦离开北港，返回日本平户，不久后在平户逝世。李旦的儿子李国助（洋名奥古斯丁）无法得到其他头目支持，郑一官（芝龙）被推举为新首领。同年10月，颜思齐在山区打猎时得病死去，郑一官又接管了北港的颜思齐集团。一年之内，郑一官成为中国沿海两大海商（海盗）集团的首领。究竟有什么隐秘，已不得而知。

郑成功出生这一年（1624年·天启四年）明朝及周边地方发生一些大事：
明朝政局－司礼太监魏忠贤权力扩大，朝中大臣杨纹、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章等弹劾魏忠贤，被魏党（阉党）藉故逮捕入狱，死于狱中，被称为「东林六君子」。阉党乘机清除异己，在南方各省兴起大狱，打击东林士大夫。
后金－天命汗奴尔哈赤接连攻陷明朝辽阳、沈阳、义州、锦州等四十多城镇，迁都辽阳，1625年又迁都沉阳。明朝退守山海关、宁远城（今辽宁省兴城）。
荷兰－明朝水师击走占领澎湖之荷兰人，荷兰人退往台湾，逐步建立殖民统。
日本－德川幕府禁止西班牙人到日本经商及传教。

明天啓五年（1625年）年底，中国沿海两大海商（海盗）集团经历了巨变，两大集团首领李旦、颜思齐先后逝去，年仅二十出头的郑一官被各头目推举为领袖，改名为郑芝龙，他继承了李旦庞大的船队，从北起日本南至吕宋、安南、占城的国际贸易网络；又得到了颜思齐的的人马，并且与日本德川幕府、荷兰主管东亚军事与贸易的东印度公司官员都有密切往来。据说郑芝龙得到荷兰官方授权的「劫掠许可状」（Letter of Marque）有权截劫所有荷兰敌对国家（或集团）的船只，每次出海劫掠都收获甚丰，向荷兰官方缴纳巨额劫掠税，于是郑芝龙集团控制了台湾海峡的过路权。他势力最盛时，手下有四百多艘船舰，六、七万人。

天啓六年（1626）年初，郑芝龙召集手下大小头目对福建沿海发动进攻，他自带领十艘战船、三艘快哨船登陆金门、厦门岛，肃清敌对的海盗势力，次年六月，又进犯铜山（今东山岛）、广东潮州南澳岛等处。当时正遇上福建连年饥荒，郑芝龙以「劫富济贫」为口号，而且礼贤下士，吸引大量士绅、民众投靠，声势大振，令明朝福建官府大为头痛。甚至有地方官以开放贸易为条件，请求占据大员（台湾）的荷兰人联手剿灭郑芝龙。荷兰舰队被郑芝龙击败，但每遇上明朝水师船舰，郑芝龙都会手下留情，严令部属不能令明朝将官难堪。

天啓六、七年两年期间，郑芝龙击败了明朝水师提督俞咨皐统领的福建、浙江水师，杀死了为荷兰收购货物的巨商许心素；击败了荷兰舰队，重新整合中国东部海商（海盗）势力。郑芝龙已经成为拥有上千船舰，数万部属的海上势力，可以与明朝政府、荷兰殖民者，三方在海上博弈的重要角色。

同一时间，天啓六年（1626年）正月，努尔哈赤率领后金大军渡过辽河，二十三日抵达宁远城下，守将袁崇焕指挥全城军民誓死守卫城池。后金兵屡次攻城失败，袁崇焕以西洋「红夷大炮」轰击后金军，后金军伤亡惨重，努尔哈赤亦受重伤，撤退回沈阳，不久伤重逝世。