连接深圳湾口岸的深圳地铁13号綫第一期南段早上通车，建设中的第二期工程，现阶段亦由合营公司提供项目管理顾问服务。
参与营运的港铁公司表示，13号綫第一期工程属公私合营项目，全长约22.44公里，总共有16个车站，首通段占其中约6.36公里，由深圳湾口岸站至高新中站，共设7个车站，其中4个为转车站，乘客乘搭13号綫可转乘至深圳湾超级总部基地、后海中心区、高新科技园和前海合作区等核心区域。
港铁表示，新綫将进一步便利港深两地以及粤港澳大湾区的人员往来，并有助满足沿綫地区的交通需求，为深圳市民提供更便利和高效的出行体验。
深圳口岸办表示，今早通车的路綫，营运时间为早上6时半至晚上11时，单程行车时间约12分钟，只需从深圳湾口岸站B出口或C出口出站，步行百米，即可抵达深圳湾口岸旅检大楼。
口岸办又说，已增派人员进行客流疏导工作；增设沿途路线的指示牌；密切与港铁公司的沟通，建立港铁深圳湾站联勤联动机制，联合制定大客流应对方案，做好应急准备工作。口岸办预计，随着新綫开通，深圳湾口岸将迎来出入境小高峰。
