1939年9月1 日，纳粹德国入侵波兰，引发第二次世界大战。9月3日，英国对德宣战，并宣布作为英国殖民地的印度为参战国。可是，在印度的参战态度上，甘地与尼赫鲁等国大党领袖颇有分歧。随着战局的发展，国大党执委会于1940年初召开临时大会，尼赫鲁等国大党领袖在甘地未予赞同的情况下，于1940年7月7月通过决议，宣布如果英国让印度完全独立，印度必定加入同盟国，对轴心国宣战。当时英国首相是著名的邱吉尔，他多年来反对印度独立，断然拒绝了国大党提出的独立要求，并责成印度总督坚拒接见甘地以及其他印度政治领袖，更缉捕了宣传反战抗命的二万多印度群众。

直至1941年12月7日，日本偷袭珍珠港，太平洋战争爆发，战火越来越迫近印度本土，同盟国开始担心德、日两轴心国可能于印度会师。此时，美国介入印度政局，罗斯福总统甚至向邱吉尔施压，迫使英国政府派特使远赴印度，与甘地等国大党领袖磋商自治方案。只是邱吉尔根本不欲放弃英国在印度的殖民统治，磋商自然毫无成果。1942年初，随着英国军队在亚洲全面败退，英国已经无法保卫印度的安全，印度局势日益紧张。就在此时，甘地回到前线，1942年8月8日在孟买的国大党全国委员会上发表演说，公开要求英国人离开印度，印度必须独立。可是会议还没有结束，甘地和其他主要人物已经被殖民地政府拘捕。消息传出后，印度全国马上陷入暴乱状态，但殖民地政府却不为所动。

甘地一直被囚禁于狱中，期间一同被捕入狱己经追随甘地二十多年的私人秘书马哈德夫和甘地妻子卡丝德白，先后于1944年初病死狱中。而甘地本人的身体健康亦转差，医生甚至提出警告，甘地的贫血会影响到其生命安全。殖民地政府最终于1944年5月6日无条件释放甘地。这是甘地最后一次入狱，甘地一生被殖民地政府监禁了2089日，比他早年在南非的249日多了1800多日。

二战结束后，英国政府改由工党执政。1945年9月19日，英国首相艾德礼于伦敦宣布「印度自治计划」，最终更容许印度独立。然而长期以来，印度教徒和伊斯兰教徒的不协调态度，却成为印度独立的新障碍，由真纳所领导的回盟提出「不能与印度教徒共同生活，要建立一个与印度教徒不同的巴基斯坦国」。为了化解两教信徒的敌对态度，已经七十七岁高龄的甘地，仍不辞劳苦自1946年11月至1947年3月，每天早上四点起床，赤脚步行数英里，走访印度四十多条村落，希望化解民众的仇恨。然而事与愿违的是，两教信徒对立日趋严重，各地不时发生两教信徒武装冲突的事件，甘地的苦行未能产生太大的效用。最后，英国政府和时任印度国大党主席、预计将出任独立后印度总理的尼赫鲁，接纳了把英属印度殖民地分为两个独立国家，即印度和巴基斯坦。1947年8月15日，印度宣布独立，然而当天甘地却在孟加拉的加尔各答安抚暴动，事前印度当局愿意派专机接甘地往新德里出席独立典礼，但甘地拒绝了。在此之前的一天，真纳所促成的巴基斯坦国亦宣布脱离英国而独立。印度虽一分为二，但两教信徒的暴力冲突并无因此而减少。印度全国出现了因宗教冲突的大规模逃亡潮。印、巴两国甚至因争夺克什米尔地区的控制权，于1947年9月发生战争。为平息印度国内不断涌现的宗教暴力冲突，以至印、巴两国的战争，甘地于1948年1月13日开始绝食，这是甘地生命中的最后一次绝食。经过四天的绝食，甘地换取了印度政治和宗教派领袖，以至巴基斯坦驻印度专员的承诺，印度政府保证遏止印度境内的宗教暴乱，以保障回教徒的生命、财产、信仰。甘地提倡两教信徒和平共处的做法引了一个激进印度教团体的不满，计划要刺杀甘地。1948年1月25日星期日，甘地如常参加祈祷会。在祈祷会上，一名叫哥德斯的青年，趁甘地向群众行印度教传统手掌合十礼仪时，向甘地连发三枪，中枪后的甘地倒卧血泊中死去，终年七十九岁。凶手哥德斯当场被捕，受审后被判绞刑。而甘地的葬礼依他生前愿望一切从简，火葬后的骨灰，撤到印度各大河流之上。