「鱼在水中游」分三个单元剧。第一个故事《鸡泡鱼》讲述一个紧张子女(江玲、叶峻海饰演)课业的母亲(周慧娟饰演)，帮助子女温习功课时，大发雷霆，父亲 (麦炳昌饰演)则埋头电视，观看足球赛事，夫妻二人因教导方式争吵不休。第二个故事《泥鯭》讲述一位女老师(罗冠兰饰演)，尽心尽力教导顽劣学生(林招杰 饰演)，终于得到顽劣学生尊重。第三个故事《食人䱽》讲述某中学因去年毕业生曾搞事，为免今年毕业生照样生事，因此拒绝学生举行联欢会，丁老师(林尚武饰 演)为学生力争举办联欢会，原来学生早已计划破坏教室，丁老师劝导学生要争气，得到班长(王书麒饰演)支持。

江湖人物阿龙（刘德华饰演）是姑爷仔，靓妹仔阿宝被阿龙英俊外表吸引。阿宝来自低下家庭，父母无暇照顾，与大伯及祖母同住，决定搬出自食其力，并为阿龙到色情场所接客，却发现阿龙一脚踏两船，与另一女子Amy相好，忍无可忍下，阿宝向二人泼酼酸。同窗好友美玉（刘美君饰演）奉子成婚，却不得丈夫珍惜，最后错手杀死婴儿。好友二人在警局相遇，含泪无言。

家安（黎汉持饰演）出身低下层，走私艺术品，间中兼任人体模特儿工作。女友（魏秋桦饰演）属于中层阶级，从事艺术活动的行政工作。男主角母亲年老多病，得阿莲（郑丽芳）照顾，母亲希望儿子与阿莲结婚，家安对阿莲没有感情，终日梦想与女友前往巴黎。

富家女Flora（钟楚红饰演）毕业两年已转了几次工，对前途感到迷惘，对生活则漫不经心。男友John（金兴贤饰演）提出结婚，她以读书为借口推托。好友Susan（陈秀珠饰演）打算婚后随男友Andy（黎汉持饰演）到星加坡发展，令Flora更觉孤单。

段小楼（岳华饰演）与程蝶衣（余家伦饰演）学艺十年，终于成为独当一面的梨园新秀。二人在北京过着舒适生活，仍未感到大时代风暴快将来临。文化大革命期间，台上的霸王与虞姬，在台下被迫互相批斗，现实生活中四面楚歌让人难以承受。及后，二人辗转流落香港。一对才子佳人终于重逢，却是另一番滋味…

上世纪二十年代，锦华（樊少皇饰演）被母亲送到梨园学戏，与年长数岁的师兄（李羽田饰演）特别投缘，师兄弟吃尽苦头，熟念曲词，却目不识丁。

1970年，九龙城寨发掘出两枚大炮，陈伯儿子阿满(林伟图饰演)是街坊福利会委员，坚持大炮属中国政府所有，不让港英政府插手。陈伯一生都在城寨生活，城寨成为三不管地带，龙蛇混杂，居住环境欠佳，陈伯一家人仍坚守城寨，一次又一次地抵抗港英政府清拆城寨的行动。

鸦片战争爆发后，为了抵抗外敌，清政府同意兴建九龙城寨（也称九龙寨城）。城寨于1847年建成，内建衙署，并设兵房。英国于1861年正式接收九龙半岛，城寨南门一带，英国人就在眼前。1898年中英谈判《中英展拓香港界址专条》时，李鸿章表示愿意以99年期租借新界予英国，但力争保留九龙城寨，使驻扎在内的满清官员可以自由活动，此条件成为日后中英两国争吵不休之源，寨城变成中英港三方角力的场所。

乐敏华(Joey)是杂志记者(顾美华饰演)，到越南胡志明市采访临时收容中心，遇上曾偷渡来港的华侨少女阿雪(刘玉翠饰演)，阿雪在港被甄别为经济难民而自愿遣返越南。Joey随阿雪回家采访，发现阿雪众多亲人皆英年早逝，阿雪托辞众人乃病死，Joey有感当地无人敢言真相。

1989年夏天，中国学生运动期间，任职香港政论杂志的童玲(惠英红饰演)与相识廿年的童年好友高易君(杨雪仪饰演)重逢。童年时，童玲是孤 儿，寄住澳门儿童之家。易君母亲在「澳门一二．三事件」中无辜丧生，父亲将她送到儿童院读书。二人结伴回澳门，探望童玲契爷华伯。华伯曾是澳门报刊编辑， 文革期间曾遭澳门左派份子批闘为反动份子。