【香港家书@20211106】理工大学医疗科技及资讯学系副教授 萧杰恒
2021-11-06

理工大学医疗科技及资讯学系副教授萧杰恒——冀政府成立病毒基因排序工作小组 加强病毒追踪

*标题由编辑所加

各位理大医疗化验学系的同学:

转眼间,这个学期已经来到第十一周。再过两星期,你们就要应付实验课的考试,我相信你们已经在埋头苦干的作准备。

在疫情期间,大学采用网上教学。没有学生的校园缺少了以往的活力和生气。我们已有一年多的时间,无法在课堂上见面。有同学笑言,只能在电视、报纸上才会见到我。又有同学问我,为何会参与新冠病毒的基因排序工作?

我是个注册医务化验师,是香港医疗体系的一份子。在疫情爆发初期,眼见前线的医护,和医院实验室的同行疲于奔命,而自己却安坐在大学的办公室。那种无能为力的不安,驱使我鼓起勇气,冒昧地联络各医院,提出合作。多得各微生物科医生的信任,提供确诊者的病毒样本,让我们进行基因排序分析。结果,我们发现当时在港岛东的隐形传播链,亦揭示佛堂群组超级传播个案的病毒源头。自始之后,我和我的研究团队一直透过病毒全基因组排序,监测新冠病毒在我们社区的传播链,找寻病毒传播源头。我们的研究结果成功协助政府在第三、四波疫情,堵塞海员免检安排和旅客在隔离酒店接受探访等防疫漏洞。

踏入2021年,多间公立医院相继爆发小规模疫情。我们针对这连串感染个案进行基因排序分析,协助院方追踪传播链。差不多同一时间,外国出现变种病毒。在医管局协助下,团队为输入个案进行基因分析,以监测变种病毒流入香港的情况。要数最有成功感的,是在今年四月,一名印度裔男子完成检疫后确诊,之后陆续有外佣感染个案,最终我们发现,该确诊男子与东涌映湾园外佣的病毒基因完全相同,促使卫生防护中心进一步追问他们行踪,揪出整条病毒传播链和当中的密切接触者,成功阻截该变种病毒于社区进一步扩散。

第四波疫情完结至今,我们仍然无间断为输入个案做基因排序。用意是如果社区再出现本地源头不明个案,我们就可以迅速地作基因比对,找寻病毒的来源,推测感染的途径。最近,我们又建立了一个病毒基因地理资讯系统,将个案的病毒基因,确诊时间,再加上患者的行踪,以互动地图的方式表示出来。举例说,若果社区在几日内出现两个或以上个案,而他们的病毒基因是相同的话,患者的住所和到访过的地方,会以同一种颜色点在地图上标示。系统又会根据个案确诊的时间,以动画方式将颜色点按次序显示出来,再以虚线把这些地点串连,模拟该病毒株在社区的传播路径。我相信这个系统可以帮助个案追踪,令围封检测等防疫措施更精准地实施,为我们日后通关,缔造有利条件。

做基因排序要有两个元素,才可以有效阻截病毒传播。第一,要做得够快。如果要等四五日才完成,以新冠病毒的传播速度,恐怕病毒已开始在社区传开去,分析的结果只能作「历史回顾」。故此,我们不断改善技术,令基因排序可以在10小时内完成。

第二,要做得够多。在第四波疫情时期间,有很多本地源头不明个案没有进行基因排序,令疫情好像未完成的砌图一样,根本看不清真正的图像。其实除了理大,其他大学的研究团队亦有做病毒基因排序。我相信假如结合各团队之力,绝对可以分析所有个案。只是我们之间未有沟通机制,不同团队不时重复分析相同个案,实在浪费了大家的资源。我很希望,政府能牵头,成立病毒基因排序工作小组,将个案按地区分派予不同团队,让我们分工合作,以增加处理量和速度,协助卫生防护中心建立病毒监测网,以应付可能出现的新一波疫情。

各位同学,医疗科技日新月异,你们可能会对基因排序等新技术有兴趣,我们学系不论在本科或硕士课程,都新增了多个关于分子诊断和生物信息学的科目,希望你们在毕业后能学以致用,提升香港医务化验师的技术水平。

虽然细菌、病毒不停地演变,但其实人类亦不断进化。在理大任教的八年期间,我深刻体会到这一代的大学生,不论是领悟力和分析力,都比十多年前的我强得多。作为老师,我有责任将知倾囊相授。我相信你们将来一定可以令香港的医疗科技更上一层楼。你们加油,努力温习,我们试场上见!

 

Gilman

2021年11月6日

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主持:陈颢之、张凤萍
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学者、议员、官员及社会人士透过书信形式,分析社会现象,细诉个人感受。

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